aRma-Intro EAB 2016

Burak AYDIN (RTEU), Salih Rakap (OMU)
MAYIS 2016

R ve R Shiny nedir?

  • R bir programlama dili, bir programlama ortamı (environment).

  • Shiny, R kullanımını kolaylaştıran bir arayüz

R'in popülerliği-(Robert A. Muenchen)

R Shiny'nin saygınlığı

  • Shiny-phyloseq (McMurdie & Holmes, 2014, Bioinformatics)

  • interAdapt (Fisher, Jaffee & Rosenblum, 2014, Johns Hopkins University, Dept. of Biostatistics)

  • Slider (Commenges, Pistre & Cura, 2014, Cybergeo)

AncovaN

AncovaN

Meta-analysis via Shiny (MAVIS)

Kyle Hamilton

Altyapısı R'a dayalı Meta Analiz (aRma)

install.packages("MAVIS")
install.packages("shiny")
require(MAVIS)
require(shiny)
startmavis()
startaRma()

Örnek 1 Sabit Etki Modeli (Hedges' g)

  • Ding 2013, s 133
  • paket metafor
  • DerSimonian-Laird tahminleyicisi
  • Örneklem varyansı escalc LS: large sample approximation

Örnek 2 Rassal Etki Modeli

  • Standartlaştırılmış ortalamalar
  • Cohen d -> Hedges' g
  • Örneklem varyansı (((N1+N2)/(N1N2))+((g*g)/(2(N1+N2))))

Örnek 3 Rassal Etki Modeli Heterojenlik testi

  • Q
  • \( I^2 \)

Örnek 4 Korelasyon verisi

  • Fisher Z (Ham korelasyon katsayısı?, Düzeltilmiş ham korelasyon, Olkin & Pratt, 1958)

Örnek 5 Yayın Yanlılığı

  • Huni grafigi (metafor paketi)
  • Korumalı N (metafor paketi)

Örnek 6 Alt grup analizleri

  • R paketi MAd (A. C. Del Re & W. T. Hoyt (2014)
  • Kategorik moderator

Türkçe meta analiz çalışmaları

  • 16 örnek (11'i 2014 sonrası)
  • Her makale ortalamada 3 farklı meta-analiz
  • Meta-analizlere dahil edilen çalışma sayısı 5 ila 108 (medyan=18)
  • Ulaşılan 16 makaleden 15’i bir veya daha fazla yazılım kullanmıştır, bu 15 makalenin 13 tanesi ise Metawin veya Comprehensive Meta-Analyses (CMA)kullanmıştır.
  • Sadece 4 tanesinde grafiklerden faydalanılmıştır
  • Sadece 5 tanesinde güvenli N (fail-safe N)
  • Çalışmaların yarısında alt-grup analizi kullanılmıştır.
  • İncelenen 16 makaleden 12 tanesi etki büyüklükleri (Hedges' g veya Cohen's d), 3 tanesi korelasyon, 1 tanesi ise ham ortalama